وقتی انگلیسها از طرف جنوب، افغانستان را اشغال کردند، امیرشیرعلیخان از روسها استمداد کرد، ولی پاسخی نیافت و ناگزیر اداره امور را به فرزندش یعقوب خان سپرد و خود به امید جلب کمک رهسپار شمال گشت، روسها تنها کمکی که به وی کردند این بود که توصیه نمودند به پایختش برگردد و با انگیس ها از در صلح درآید. امیر شیرعلی نا امید،
افسرده و در هم شکسته در مزارشریف چشم از جهان فروبست. انگلیسها اینبار نیز با رهبرانی پیمان بستند که افغان ها ایشان را بحیث رهبر نمی‌شناختند. اگرچه یعقوبخان فرزند شیرعلیخان بود و از طرف وی اداره‌ای امور را در شهر کابل در دست داشت، ولی او نیز رهبری نبود که مورد قبول سران قبایل باشد. وی به همهٔ خواستهای انگلیس که مهمترین آنها عبارت بود از این‌که افغانستان باید روابط خود را با سایر کشورهای خارجی با مشورت انگلیس تنظیم کند، گردن نهاد. نمایندگانی راکه انگلیس بنابر مفاد همین معاهده صلح (معاهده صلح گندمک)، در سال ۱۲۹۶هجری قمری (۱۸۷۹میلادی) به کابل اعزام نموده بود، چند هفته بعد به دست افغان‌هایی‌که مخالف این معاهده بودند، به قتل رسیدند.
از این رو سه لشکر تازه نفس انگلیسی که هنوز آسیبی ندیده بودند وارد صحنه شده، کابل و قندهار را اشغال کردند. یعقوب خان بعد از مدت کوتاهی به هند تبعید شد. انگلیسها پی بردند که اشغال افغانستان کار چندان مشکلی نیست ولی نگهداری آن خیلی مشکل است، بنابر این به فکر آن افتادند تا در میان قبایل کسی را بیابند که هم مورد قبول مردم باشد و هم نزد انگلیسها مقبولیت داشته باشد، این آخرین امید انگلیس در وجود عبدالرحمان خان پسر عمو(کاکا)ی امیر تبعید شده و نوه‌ای دوست محمدخان تحقق یافت. انگلیسها از موفقیت نه چندان بزرگ خویش در جنگ دوم چشم پوشیده، از افغانستان خارج شدند، عبدالرحمان که مردم ترکستان افغان را به دور خود جمع کرده بود، در قبال گرفتن شناسایی از طرف انگلیسها تنظیم روابط خارجی خویش را به ایشان واگذاشت. در خلال حکومت او روسها و انگلیسها به توافقی قطعی در مورد مرزهای طولانی افغانستان با روسیه، از مرزهای ایران تا پامیر، دست یافتند. مرزهای جنوب غربی انگلیس نیز بر اساس خط مشهور دیورند (Durand Line) تعیین گشت، انگلیسها عبدالرحمان را مجبور ساختند تا معاهده ننگین دیورند را امضا کند که در اثر آن نیمی از سرزمین پشتونها به قوای بریتانیا تعلق گرفت.
سیاست شوم و استعماری آن زمان انگلیس باعث گشت که از آن زمان تا کنون افغانستان و پاکستان موفق نشده‌اند تا مسئله مرزی خویش را حل نمایند، از آن زمان تا کنون پیوسته یک سلسله کشاکش‌های مرزی، برخوردهای نظامی و تحریکات متقابل در سراسر این مرزها را به دنبال داشته است. امیر عبدالرحمان را در تاریخ بنام یک امیر آهنین یاد کرده اند، چرا که او توانست قبایل متمرد و نافرمان غلزایی و هزاره را تحت فرمان درآورد و یک‌پارچگی افغانستان را تأمین و تضمین کند. اگرچه در این مدت سایه و سنگینی اقتدار وی در همهٔ گوشه و کنار این سرزمین احساس میشد، اما ادغام مردمی نافرمان و قبایلی یاغی در یکدیگر و درآوردن آنان بصورت ملتی یکپارچه و متحد، جز از این طریق ممکن نمی‌بود.